PDF上の認識対象の文字が小さい時、誤読する可能性が増えます。
以下の対策を検討してください。

1.様式を再検討する

可能であれば、帳票の様式を再検討して、認識対象の文字を大きくしてください。
活字の場合、12ポイント以上のフォントを利用する事で、認識率を高めます。

2.帳票を大きくする

スキャナでPDFを作成する場合は、拡大して取り込んでください。
例えばA4用紙であれば、141%拡大を指定して、A3サイズで取り込んでください。
文字を大きくする事で、認識率を高めます。
また、複合機のスキャナの解像度の既定値は200dpiであることが多いのですが、300dpiに設定変更することで、認識率を高めます。

3.読み取り時の解像度を変更する

PDFを読み込ませた時、AI JIMY内部で、PDFを画像形式に変換します。
[設定]-[高度な設定]-[文字認識時、実行モード]が「速度優先」の時は96dpi、「標準」の時は150dpi 、「精度優先」の時は300dpiの解像度にて変換します。
精度優先を選ぶ事で、認識率を高めます。
解像度を更に高める事が可能ですので、必要がありましたらお問い合わせください。

※上記2.3.では、メモリ使用量が増加するため、一度に読み込ませる枚数や、ひとつのワークフローに含まれるテンプレートが多い場合には、正常に動作しない可能性があります。

4.チェックデジットを設定する

誤読率を下げる方法とは異なりますが、誤読検知のために、コード類の場合はチェックデジットを設定する方法があります。
例えばJANコードの場合、最後の一桁がチェックデジットになっています。
併せてご検討ください。
チェックデジットについては、別途検索いただくか、お問い合わせください。