データ出力時、出力形式を「常に補正結果を出力」と「元PDFを出力（PDFのみ取込）」のどちらにするか選択して設定することができます。
基本的には既定値である「常に補正結果を出力」をご利用いただき、取り込むPDFファイルの注釈や埋め込みテキストを出力データにもそのまま保持したい場合は「元PDFを出力（PDFのみ取込）」に変更していただくことをお勧めします。
こちらの記事では、それぞれの設定について解説いたします。

常に補正結果を出力

「常に補正結果を出力」が既定値です。
特に設定を変更しなければ、こちらの設定でデータ出力が行われます。

「常に補正結果を出力」を設定している場合、取り込んだ帳票のデータに傾き補正などが施された画像ファイルもしくはPDFファイルが出力されます。
一度画像データとして補正処理を行っているため、例えば注釈や埋め込みテキストがあるPDFファイルの場合は、出力後のPDFファイルでは注釈が消えたり、埋め込みテキストが画像化されたりします。

こちらの設定は、PDFファイルだけでなく他の画像ファイル（※本アプリケーションの対応している形式に限る）を取り込む際にもご利用いただけます。

また、出力ファイルの形式をPDFではなくPNGに変更した場合は、自動的に「常に補正結果を出力」になります。

元PDFを出力（PDFのみ取込）

「元PDFを出力（PDFのみ出力）」を選択した場合、取り込んだ帳票データは可能な限り元のまま出力されます。
そのため、出力データに、文字認識のために行われる傾き補正などは反映されません。
また、取り込んだPDFファイルに注釈や埋め込みテキストがある場合、それらは消えることなくそのままの状態が保持されます。
メタデータやデジタル署名などの一部情報は失われるので、原本の削除はご注意ください。

なお、こちらの設定は、PDFファイルの取り込み時のみご利用いただけます。
そのため、「元PDFを出力（PDFのみ取込）」を設定している状態でPDF以外の画像ファイルを取り込もうとすると、以下のようなエラーダイアログが表示され、取り込むことができないようになっています。
PDFファイルとPDF以外の画像ファイルを同時に取り込もうとした場合は、PDFファイルのみが取り込まれます。

また、上記にもある通り、出力ファイルの形式をPDFではなくPNGに変更した場合は、出力データが画像形式になるため、自動的に「常に補正結果を出力」になります。